(1)基质选用西瓜无土栽培可用的基质较多，如草炭、蛭石、珍珠岩、岩棉、沙、砾石、陶粒、锯末、树皮、刨花、稻壳、蔗渣等。上述基质既可以单独使用，也可与其他基质混合使用。各地可因地制宜，就地取材。
(2)基质消毒日光温室西瓜无土栽培如无前茬，所选用的新鲜的基质可不用消毒。基质经栽培一前茬作物后，如果没有病害或病害很轻，则这种基质一般还可继续用于西瓜种植，以降低生产成本。但在实际生产中，为安全起见，基质在使用前一般都要进行消毒。常用的基质消毒方法，主要有蒸汽消毒、药剂消毒及太阳能消毒。
蒸汽消毒：基质数量较少时，有条件的地方，可将基质装入消毒箱消毒。生产面积较大时，基质可以堆成20厘米高，长宽根据地形和数量而定，用防水防高温布盖严，通入蒸汽后，在70～90℃温度下，消毒1小时，可以杀死所有病菌，效果良好，而且比较安全。缺点是成本较高。
药剂消毒：常用的消毒药剂为甲醛(福尔马林)和氯化苦。甲醛是良好的消毒剂，一般将40％的原液稀释50倍，用喷雾器将基质均匀喷湿，覆盖塑料薄膜，经24～26小时后揭膜，再风干2周后使用。氯化苦熏蒸时的适宜温度为15～20℃。消毒前先把基质堆放成高30厘米，长和宽根据具体情况而定。在基质上每隔30厘米打一个深为10～15厘米的孔，每孔注入氯化苦5毫升，随即将孔堵住，*层打孔放药后，再在其上部打第二层孔放药，然后盖上塑料薄膜，熏蒸7～10天。去掉薄膜后，晾7～8天后即可使用。
太阳能消毒：蒸汽消毒比较安全，但成本较高。药剂消毒成本较低，但安全性较差，并且会污染周围环境。太阳能是近年来在温室栽培中应用较普遍的一种廉价、安全、简单实用的土壤消毒方法，同样也可以用来进行无土栽培基质的消毒。具体方法是：夏季高温季节在温室中，把基质堆成20～25厘米高的堆(长、宽视具体情况而定)，用水喷湿基质，使其含水量超过80％，然后用塑料薄膜盖好，同时密闭温室，暴晒10～15天，消毒效果良好。经消毒后的基质，可于栽培前5～7天填入栽培床，厚度10厘米左右。
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