西瓜果斑病属于全国植物检疫性有害生物，是一种细菌性病害。除西瓜外还能侵染甜瓜、南瓜、黄瓜、西葫芦等，防治方法有以下5项措施：
一、选用抗病品种 试验证明品种间感病程度差异较大，在发病较重的地区应换掉原来的感病品种，改种抗病品种，如三倍体较二倍体杭病、皮色深绿的比浅的抗病。新红宝品种感病程度较高。
二、种子处理 方法是采种后种子与果汁、果肉一起发酵24-48小时，然后将种子放入1%的盐酸中浸泡5分钟（或用1%的次氯酸钙浸泡15分钟）后，立即用清水洗净、风干。此法能杀死种子上的病菌。在播种前，用1%盆酸浸种20分钟后，再用清水冲洗20分钟，然后风干、播种。
三、轮作侧茬 这是防治许多病虫害简单而有效的措施，轮作年限越长防效越好。特别是发生果斑病的地块，更不能连作。
四、加强管理 实行秋季深翻地，将病残体、野生寄主及病菌等翻入土壤深处或破坏其生存环境，以降低菌源数量，减少侵染机会。设置通气道，种植有网纹的厚皮甜瓜，定植前，在定植穴行的正下方挖一条宽30厘米、深40厘米的沟，沟底铺15-20厘米厚的稻草，覆土，增加根部透气性，提高植株抗病能力。整地时清除田间病株、病果、杂草及野生寄主植物体，尤其是葫芦科杂草。消毒农具，杀灭病菌。采用滴灌或软管等管式灌溉，避免喷灌、顶灌等方式，以减少病菌传播。
五、药剂防治 田间出现病害，可用抗生素进行喷雾防治。抗生素可选用农用链霉素、四环素等药剂，在发病初期喷洒，根据天气及发病情况每7-10天喷1次药。发病重的田块或地区，在进入雨季时，掌握在发病前开始喷洒30%碱式硫酸铜悬浮荆400-500倍液或47%加瑞农可湿性粉剂800倍液、56%靠山水分散微颗粒剂600-800倍液、50%琥胶肥酸铜（DT）杀菌剂500倍液、77%可杀得可湿性微粒粉剂500倍液、30%氧氯化铜悬浮剂800倍液，每亩地喷对好的药液60升，隔10天左右1次。
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